المسجد الحالي أنشأه الخديو عباس حلمي الثاني باشا أحد حكام عصر أسرة محمد علي، سنة 1314هـ/ 1896م، ويقع في شارع الأشراف امتداد شارع الخليفة بميدان السيدة نفيسة حي الخليفة بمدينة القاهرة، ويقال أن أول من بنى على قبر السيدة نفيسة الوالي العباسي عبيد الله بن السرى بن الحكم من عام 206هـ/ 822م حتى عام 209هـ
أنشأه الأمير أحمد بن طولون مؤسس الدولة الطولونية، ما بين عامي 263هـ/ 876م و265هـ/ 879م؛ ليكون المسجد الجامع لعاصمته الجديدة مدينة القطائع، ويقع بميدان ابن طولون المتفرع من شارع الصليبة بحي السيدة زينب بمدينة القاهرة، وهو ثالث مساجد مصر الإسلامية من حيث الترتيب الزمني بعد جامع عمرو بن العاص أول مساجد