ينسب هذا الجامع إلى الخليفة الفاطمي الحاكم بأمر الله، مع أن والده الخليفة العزيز بالله هو الذي أمر بإنشائه سنة 380هـ/ 990م، وقبل أن يكتمل بناؤه صليت فيه الجمعة في الثالث من شهر رمضان سنة 381هـ/ 991م، ولما خلف الحاكم والده أمر بإتمام بنائه. ويقع الجامع في أول شارع المعز لدين الله ملاصقًا لباب الفتوح

المسجد الحالي أنشأه الخديو عباس حلمي الثاني باشا أحد حكام عصر أسرة محمد علي، سنة 1314هـ/ 1896م، ويقع في شارع الأشراف امتداد شارع الخليفة بميدان السيدة نفيسة حي الخليفة بمدينة القاهرة، ويقال أن أول من بنى على قبر السيدة نفيسة الوالي العباسي عبيد الله بن السرى بن الحكم من عام 206هـ/ 822م حتى عام 209هـ