أنشأتها شجر الدر زوجة السلطان الأيوبي الصالح نجم الدين أيوب، وذلك عام 640هـ/ 1241م، وتقع خلف مشهد السيدة نفيسة داخل حوش الخلفاء العباسيين بقرافة السيدة نفيسة بحي الخليفة بمدينة القاهرة، وتلاصق هذه القبة جامع السيدة نفيسة من الناحية الجنوبية الغربية، وكان هذا الحوش يعرف في العصر الفاطمي بتربة بني الم
المسجد الحالي أنشأه الخديو عباس حلمي الثاني باشا أحد حكام عصر أسرة محمد علي، سنة 1314هـ/ 1896م، ويقع في شارع الأشراف امتداد شارع الخليفة بميدان السيدة نفيسة حي الخليفة بمدينة القاهرة، ويقال أن أول من بنى على قبر السيدة نفيسة الوالي العباسي عبيد الله بن السرى بن الحكم من عام 206هـ/ 822م حتى عام 209هـ